Свой творческий путь он начинал на студии "Ленфильм", в 1978 снял первый полнометражный фильм "Одинокий голос человека" по рассказу Андрея Платонова "Река Потудань".
Фильм был снят на учебной студии ВГИКа и приговорён руководством института к уничтожению. Только подмена плёнки и её тайный вынос оператором Юриздицким из фильмохранилища ВГИКа спасли фильм, который в итоге вышел на экраны только спустя десять лет после съёмок.
Это время для Сокурова ознаменовано моральной и профессиональной поддержкой режиссёра Андрея Тарковского, высоко оценившего дебютанта.
Первые фильмы, снятые режиссёром в Ленинграде, вызвали негативную реакцию как Госкино, так и партийных органов. Сокуров многократно заявлял, что ему предназначено место в лагере под Сыктывкаром. В течение долгого времени, вплоть до конца 1980-х годов, ни один из его фильмов не был допущен к прокату.
Тарковский дважды организовывал Сокурову выезд за рубеж, однако режиссёра, по его словам, удержали русский язык и духовные сокровища Эрмитажа, с которым ему более всего не хотелось расставаться.
С началом "Перестройки" режиссёр интенсивно работал, снимая часто по несколько картин в год.
Среди них: "Дни затмения" (1988, по повести братьев Стругацких "За миллиард лет до конца света"),
"Спаси и сохрани" (1989, вольная экранизация "Мадам Бовари" Флобера),
"Тихие страницы" (1994, вольная экранизация "Преступления и наказания").
В 1995 году по решению Европейской Киноакадемии имя Александра Сокурова включено в число ста лучших режиссёров мирового кино.
Главной художественной работой режиссера является тетралогия о диктаторах и власти:
"Молох" (1999, фильм о Гитлере), "Телец" (2000, о Ленине), "Солнце" (2005, о императоре Хирохито), "Фауст" (2011, фильм о природе власти, вольная экранизация поэмы Гете).
Последняя картина выиграла Венецианский кинофестиваль в 2011.
В марте 2014 года Сокуров выступил с заявлением, в котором указал, что использование военной силы против украинцев будет иметь необратимые последствия для самой России. Также он призвал россиян уважать желание украинцев жить отдельным государством.
29 марта 2017, получая премию «Ника» в номинации «За честь и достоинство», произнёс речь, часть которой была посвящена школьникам и студентам, вышедшим на акции протеста 26 марта.
Сокуров говорил о необходимости для власти вести диалог с молодыми людьми и о недопустимости «гражданской войны» с ними.
3 декабря 2018 вошёл в состав Совета при Президенте РФ по развитию гражданского общества и правам человека.
"Считалось, что я диссидент, потому что делаю фильмы, и документальные, и игровые, которые не принимает государство. У меня были близкие отношения с Тарковским: переписка, звонки, продолжавшиеся, и когда он уехал. А это уже, как вы понимаете, сверх головы грехов. Но при той «линии фронта» я понимал: где чужие, враги, а где свои. Эту четкую линию я видел на «Ленфильме», она шла и по быту, и по всей жизни. По всем поколениям.
Сейчас этой линии нет.
Сегодня человек, с которым общаешься, работаешь, может «внезапно» оказаться на враждебной тебе стороне, написать донос. Любой, с которым ты встречаешься, разговариваешь, доверительно общаешься, может, уже написал на тебя донос. И любой из этих доносов с распростертыми объятиями примут офицеры КГБ. Поэтому мне сегодня гораздо тяжелее жить. Возможно, потому, что я устал, устал от жизни на такой Родине, во «фронтовом режиме».
Мне плохо от того, что ничего не меняется в моей жизни: по-прежнему запрещены мои фильмы, по-прежнему я нахожусь в разработке ФСБ, по-прежнему существует неснятое решение суда о прослушивании моих телефонов и т.д.
Те же жуткие взаимоотношения с Министерством культуры, как с Госкино когда-то в советский период.
Я со страхом отношусь к государству, которое издевается надо мной столько времени, и в то же время понимаю, что без России я не могу. У меня один паспорт, я русский человек, без России мне не жить. Я много имел возможностей и гражданство сменить, и жить и работать за пределами России… Но, но… Но…"
"Когда формировалось правительство господина Мишустина, мы были крайне взволнованы: кого назначат министром культуры Великой России…
Какова же была наша оторопь, когда узнали, что назначена товарищ Любимова…
Просто рядовой продюсер с Первого канала… Как так? Федеральный министр, многонациональная страна, уйма конфессий, назревающий экономический и политический кризис… и назначается человек без соответствующего профессионального, государственного опыта, без соответствующей экономической, социальной практики такого масштаба.
Неужели по этому же принципу отбираются кандидатуры на посты и в других ведомствах?
Приношу извинения О.Б. Любимовой, возможно, мои слова слишком резки. Извините меня.
Меня успокаивали: сиди, молчи. Культура не интересует ни премьера, ни парламент страны. Культура отдана на откуп Михалкову… Он из своих деревень, гостиниц, декораций всем руководит.
Если это так, то что это? Как это? Ведь культура России это в значительной части судьбы молодых… Попробуйте разубедить меня. Если ошибаюсь — признаю свою неправоту".
"Гуманитарная сфера — главная для жизни любого цивилизованного государства.
Цель существования российского государства — культура. Другой цели нет. Не армия, не экономика, не политика.
Все это может следовать только за общим возрастающим разнообразным уровнем культуры разных слоев, групп народа.
Вынужден напомнить об историческом предупреждении: и армия может проиграть, и государство может обрушиться, но на руинах всей этой «красоты» с народом, с его традициями — останется Культура. Ей возрождать нас из ПРАХА..."
"У нас есть Российская Федерация, у нас нет России. У нас есть президент Российской Федерации, но мне нужен президент России, который будет думать об Архангельской губернии, о Мурманской, Ярославской, о Поволжье, о том же Урале… Дальневосточном регионе.
Человека, который был бы озабочен развитием жизни народа-кормильца, что кормит, прямо скажем, разношерстную братию Федерации.
Я обращался к президенту: обратите внимание на то, как мучительно живет Архангельская область, посмотрите на обеспечение там медицинскими учреждениями, посмотрите, там не хватает роддомов, специальных клиник для женщин, не хватает дорог, не хватает, не хватает… Бедность, бедность".
"Наверное, сегодня количество преступивших во власти велико. Власть в России численно превосходит народ. Ведь что происходит на улицах сегодня? Ровесники бьются с ровесниками. Вернее, так: ровесники бьют ровесников.
Государство дает полномочия насилия молодым людям над другой молодой частью населения страны. Но это до поры до времени…
Это не просто развращает, но означает, что перспектива — дорога с односторонним движением. Вот есть силовая организация, которая парадоксально для русской традиции называется «Росгвардией»…
Вообще «гвардия», по рассказам моего отца, — звание, которое надо было в бою добыть: гвардейская дивизия, гвардейский полк. Сейчас силы подавления народа называются «Росгвардия».
И кроме того, посмотрите внимательно, кто служит в этих формированиях… Когда я публично говорю об этом парадоксе, многие опускают головы, никто не может ответить на этот вопрос, в том числе Владимир Владимирович Путин".