Деятельность Доренко в тот период носила "заказной" характер: 49% акций канала принадлежали олигарху Борису Березовскому, который создал и пиарил партию "Единство" (будущая "Единая Россия").
В эфирах 99 года Доренко откровенно "мочил" тогдашнего премьера Евгения Примакова, мэра Москвы Юрия Лужкова и их партию "Отечество-Вся Россия" (хотя многие озвученные факты действительно имели место в реальности).
Зачастую передачи Доренко заканчивались едкими выпадами личного свойства против столичного градоначальника с зачином "Казалось бы, причем здесь Лужков?"
Отстранен от ведения передач на федеральных каналах Сергей Доренко был в 2000, после выпуска про гибель подлодки "Курск", где нелицеприятно отозвался о новом президенте Путине.
Сам Доренко настаивает, что это был его искренний порыв, хотя возможен и "заказ" Березовского.
Сам эфир полон немыслимых в федеральном эфире (по нынешним временам) фраз о первом лице: "Боюсь показаться чрезмерно памятливым, но человек, сказавший Путину о его мученичестве в последние 100 дней, сознательно заблуждается.
На сегодня прошло 390 дней, с тех пор как немощный и мало дееспособный Ельцин публично назначил его премьером и преемником.
А до этого Путин был директором ФСБ, которая следит за адмиралами, и тоже был очень информированным человеком. Так что он скитается с крестом уже больше 1000 дней, а не 100".
4 сентября 2000 его передачу на ОРТ закрыли.
В 2011 Доренко недолго вел программу "Русские сказки" на канале РЕН-ТВ, в 2014 стал главредом радиостанции "Говорит Москва."
В 2003 вступил в КПРФ, в 2012 вышел из партии, заявив, что взносов более достойна Википедия, чем коммунисты.
Подробно (но без излишней откровенности) о своей работе в 90-е Доренко рассказал в интервью Юрию Дудю в 2018.